25bp
DNA ladder
● 產(chǎn)品編號及規(guī)格:
RTM444
50次 (250 μl)
● 產(chǎn)品組成:
貨號
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名稱
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規(guī)格
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RTM444-01
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25bp DNA ladder
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50次(250 μl)
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DL070-01
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6×Native-PAGE DNA上樣緩沖液
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1 ml
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DL020-01
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6×DualColor DNA
loading buffer (雙染料)
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1 ml
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● 產(chǎn)品簡介:
本產(chǎn)品是由8條帶狀雙鏈DNA條帶組成的精準定量Marker,適用于聚丙烯酰胺凝膠電泳中DNA條帶大小和含量的分析。8條帶的大小分別為25,50,100,150,200,300,400,500bp。其中200bp
bp條帶為加亮帶,含量為100ng/5μl,其余條帶濃度為50ng/5μl。
本產(chǎn)品為雙鏈DNA
Marker,適用于非變性的PAGE電泳和瓊脂糖凝膠電泳,不適用于尿素PAGE電泳。由于片段較小,如使用瓊脂糖分離,建議使用高分辨率瓊脂糖凝膠電泳分離。
按照每次上樣5
μl計算,該產(chǎn)品可以使用50次。
● 儲存、效期及運輸:
-20℃ 貯存;有效期3年;濕冰運輸。
● 使用方法:
一、 TBE-PAGE凝膠分離:
1.1制備凝膠步驟:
1.1.1參照凝膠模具說明書,裝配好凝膠模具。
1.1.2按照表一將不同體積的成分在小燒杯或試管中混合;最后加入10%APS和TEMED,輕輕攪拌使其混勻,避免產(chǎn)生氣泡。
注:25bp DNA ladder適用于配制15%TBE-PAGE膠。
1.1.3在凝膠模具中灌入適量分離膠溶液(對于mini-gel,凝膠液加至約距前玻璃板頂端1.5 cm或距梳齒約0.5 cm即可),然后在分離膠溶液上輕輕覆蓋一層1-2 cm的無水乙醇,使凝膠表面保持平整。
1.1.4靜置10-20分鐘,待分離膠和乙醇層之間出現(xiàn)一個清晰的界面后,說明凝膠已聚合
表一 TBE-PAGE分離膠配方表 (總體積5 ml,適用于1mm厚度小板膠)
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各組份體積(ml)
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最佳DNA分離范圍
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凝膠濃度
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滅菌水
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30%PAA(29:1)
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5×TBE
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10%APS
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TEMED
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70-450 bp
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6%
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3
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1.0
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1.0
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0.05
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0.005
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60-460 bp
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8%
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2.66
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1.34
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1.0
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0.05
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0.005
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50-300 bp
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10%
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2.33
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1.67
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1.0
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0.05
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0.005
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40-200 bp
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12%
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2
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2.0
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1.0
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0.05
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0.005
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25-150 bp
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15%
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0.5
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2.5
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1.0
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0.05
|
0.005
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5-100 bp
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20%
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0.66
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3.34
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1.0
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0.05
|
0.005
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1.1.5去除覆蓋在分離膠上的乙醇;按照表二將不同體積成分在一個小燒杯或試管中混合;最后加入10%過硫酸銨和TEMED,輕輕攪拌使其混勻,避免產(chǎn)生氣泡。
表二 TBE-PAGE 4%濃縮配方表 (總體積1.5 ml,適用于1mm厚度小板膠)
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各組份體積(ml)
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凝膠濃度
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滅菌水
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30%PAA(29:1)
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5×TBE
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10%APS
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TEMED
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4%
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1.0
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0.2
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0.3
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0.02
|
0.002
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1.1.6將濃縮膠溶液加至分離膠的上面,直至凝膠溶液到達前玻璃板的頂端;將梳子插入凝膠內,避免產(chǎn)生氣泡。
1.1.7靜置30-60分鐘,等待濃縮膠聚合。
注:凝膠的聚合時間與環(huán)境溫度有關。夏天溫度較高時,聚合較快;冬天氣溫低時,聚合時間會延長??梢愿鶕?jù)環(huán)境溫度的不同調節(jié)APS的加入量。
1.2 電泳:
1.2.1 將凝膠板固定在電泳裝置上,往上槽和下槽中加入1×TBE電泳液,1 ml吸頭沖洗加樣孔1-2次。
1.2.2 取待測樣品,加入相應體積6×Native PAGE DNA上樣緩沖液,如5 μl樣品加1 μl 上樣緩沖液,短暫離心后取5-10 μl上樣。 25bp DNA
ladder已經(jīng)含有上樣緩沖液,1
mm厚10齒梳子直接上樣5
μl,其余梳齒和厚度凝膠適量調整上樣量。
1.2.3 連接電源線,打開電源開關。200 V穩(wěn)壓電泳。至二甲苯菁指示前沿到達距離凝膠下沿二分之一位置時結束電泳(~50bp),此時溴酚藍指示前沿在凝膠下沿邊界(~17bp)。
PAGE凝膠濃度
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恒電壓
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起始電流
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結束電流
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二甲苯菁
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溴酚藍
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電泳時間
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15%
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200 V
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25-30
mA/板膠
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10-18 mA/板膠
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~50 bp
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~17 bp
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35+min
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1.3染色:
1.3.1 漂洗:玻璃板上拆下凝膠后,適量蒸餾水漂洗3-5分鐘。
1.3.2 染色液配制:
TBE-PAGE膠可以使用RealSafe類染料后染染色,以下程序用RealSafe Red核酸染料(貨號:GR002)進行染色。即用型染色液配制:
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即用型RealSafe核酸染色液
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配制量100 ml
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1×TBE
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100 ml
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RealSafe Red核酸染料
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10 μl
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1.3.3染色和觀察:
凝膠浸泡于即用型染色液中,常溫避光搖床40-60 rpm染色30 分鐘。紫外光或藍光儀下觀察。
二、 瓊脂糖凝膠分離:
2.1 瓊脂糖凝膠制備:
由于片段較小,建議選用高分辨率瓊脂糖(貨號AR1036)制膠。以下步驟以制備50
ml 3%凝膠為例:
稱取1.5
g瓊脂糖于玻璃三角瓶中,加入50
ml 1×TAE,5 μl RealSafe Red核酸染料或其他核酸染料(如EB,GoldView),混勻,蓋好瓶蓋,微波爐中火加熱至沸騰,輕搖混勻,重復1-2次至瓊脂糖完全溶解,無可見顆粒。倒入制膠容器中,插好梳子,常溫凝固30-50分鐘至凝膠完全凝固。
2.2 電泳:
取待測樣品,加入相應體積6×DualColor DNA loading buffer,如10 μl樣品加2 μl 上樣緩沖液,短暫離心后取5-10 μl上樣。 25bp DNA
ladder 1 mm厚10齒梳子上樣5 μl,其余梳齒和厚度凝膠適量調整上樣量。
建議電泳條件:凝膠濃度為3%,電泳電壓8-10
v/cm(單位電壓指電泳槽陰陽極之間的距離電壓,如陰極陽極之間的距離為20 cm,可以用160-200
V電壓進行穩(wěn)壓電泳),待溴酚藍指示前沿距離凝膠末端2 cm時終止電泳,電泳時間35-40分鐘。
瓊脂糖濃度
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電泳緩沖液
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二甲苯菁
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溴酚藍
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單位電壓
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電泳時間
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3%
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1×TAE
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~1000 bp
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~100 bp
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8-10 V/cm
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40min+
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1×TBE
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~700 bp
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~60 bp
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8-10 V/cm
|
40min+
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2.3觀察條帶。
注:使用EB或Goldview染料時,由于染料本身帶正電荷較多,隨著電泳時間的延長,染料會向陰極聚集,導致小片段核酸結合的染料含量降低,會出現(xiàn)小片段的DNA片段紫外燈下亮度變弱或不可見。此時可以將膠浸泡于含有染料的電泳緩沖液中染色15-20分鐘即可看到小片段。使用RealSafe類染料可以直接觀察條帶。
2.4 實驗示例: